东莞出入境检验检疫局于1999年11月26日由原东莞进出口商品检验局、东莞动植物检疫局和东莞卫生检疫局合并组建成立，是主管东莞地区出入境卫生检疫和动植物检疫，以及进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法机构。

    在国家质检总局、广东出入境检验检疫局和地方党政的正确领导下，东莞出入境检验检疫局按照“忠于职守、勇于负责、严格把关、保国安民”的职责要求，不断提高自检率、覆盖率、检出率等业务“三率”；积极强化应对突发事件的能力、执法把关的能力、服务地方外贸的能力、整体素质与综合能力等“四种能力”；实现了从业务数量的增长到业务多元化发展、从被动施检到主动检管、从传统的施检工作模式到检管并重的综合合格评定活动、从业务个体化管理到业务规范化、科学化与自动化管理、从业务大局到业务强局的“五大转变”，为促进东莞社会经济双转型做出了积极贡献。

    东莞出入境检验检疫局为正处级单位，内设正科级职能科室16个，包括办公室、人事政工科、纪检监察室、财务科、法制与综合业务科、认证监管科、快速核放中心、检务科、原产地证科、卫检科、动检科、轻纺科、食检科、机电科、植检科、化矿科；直属事业单位4个，分别为综合技术中心、国际旅行卫生保健中心、机关服务中心和中国质量认证中心（CQC）东莞办事处；下设太平办事处、凤岗办事处、常平办事处、长安办事处、沙田办事处、龙通码头办事处、寮步办事处等7个副处级分支机构。东莞出入境检验检疫局现有员工800余人，平均年龄为33岁，本科以上文化程度人员占72%，硕士或以上占了14%，中高级技术职称人员占了22%，是一支年轻、有朝气、专业学科多元和技术门类齐全的检验检疫队伍；拥有各种先进仪器设备，可开展的检验项目近800个，年检验业务量超过30万项次，为推动东莞地区进出口贸易发展提供了强有力的技术保障和技术支撑。

    自机构成立以来，东莞出入境检验检疫局荣获国家人事部、国家质检总局授予的“质检系统先进单位”、省委省政府授予的“广东省文明单位”、广东检验检疫局授予的“文明单位”、东莞市委市政府授予的“文明单位标兵”、“中央省属驻莞机构先进单位”等各种荣誉称号，累计达40多项。东莞出入境检验检疫局以创建和深化“青年文明号”活动为载体，行业形象与员工素质不断提升，“三个文明”建设取得可喜成果。目前所有窗口部门全部获得“青年文明号”称号，其中国家级1个、省级3个、市级4个。